প্রোটিন গঠনের উপর ভিত্তি করে অ্যামাইনো এসিডকে দুই ভাগে ভাগ করা হয়েছে।
১। প্রোটিন অ্যামাইনো এসিড (Protein amino acid) যে সব অ্যামাইনো এসিড প্রোটিন গঠন করে তাকে প্রোটিন অ্যামাইনো এসিড বলে। প্রোটিন অ্যামাইনো এসিড ২০টি। গ্লাইসিন, লাইসিন, ভ্যালিন, অ্যালানিন, টাইরোসিন, লিউসিন, আইসোলিউসিন, অ্যাসপারটিক এসিড, গ্লুটামিক এসিড, অ্যাসপারজিন, গ্লুটামিন, আরজিনিন, সিস্টিন, সেরিন, মিথিওনিন, থ্রিওনিন, ফিনাইল অ্যালানিন, হিস্টিডিন, ট্রিপ্টোফেন ও প্রোলিন।
২। নন-প্রোটিন অ্যামাইনো এসিড (Non-protein amino acid)ঃ যে সব অ্যামাইনো এসিড প্রোটিন গঠনে অংশ গ্রহণ করে না তাকে নন-প্রোটিন অ্যামাইনো এসিড বলে। নন-প্রোটিন অ্যামাইনো এসিড ৭০০ এর বেশি। এর মধ্যে ৩০০টি উদ্ভিদে পাওয়া যায়। যেমন- অরনিথিন, হোমোসেরিন, হোমোসিস্টাইন, সাইট্রুলিন ইত্যাদি।