রুই মাছে জোড়/যুগ্ন ও বিজোড়/অযুগ্ন পাখনা থাকে। প্রতিটি পাখনায় অস্থিময় পাখনারশ্মি থাকে। এতে পাঁচ ধরণের পাখনা থাকে। যথা-
১। বক্ষ পাখনাঃ কানকোর পিছনে একজোড়া বক্ষ পাখনা আছে। এতে ১৬-১৯টি পাখনা রশ্মি থাকে। ইহা মাছকে পানির উপরের দিকে উঠতে সাহায্য করে।
২। পৃষ্ঠ পাখনাঃ দেহের পৃষ্ঠদেশে একটি পৃষ্ঠ পাখনা আছে। এতে ১৪-১৬টি পাখনা রশ্মি থাকে। ইহা মাছকে ঘুরতে এবং থেমে যেতে সাহায্য করে।
৩। শ্রেণী পাখনাঃ দেহের অঙ্কীয়তলে মধ্যভাগে একজোড়া শ্রেণী পাখনা আছে। এতে ৭-৯টি পাখনা রশ্মি থাকে। ইহা মাছকে উপরে ও নিচে ঘুরতে এবং থেমে যেতে সাহায্য করে।
৪। পায়ু পাখনাঃ দেহের অঙ্কীয়তলে পায়ুর পিছনে একটি পায়ু পাখনা আছে। এতে ৪-৭টি পাখনা রশ্মি থাকে। ইহা মাছকে সুস্থির রাখতে সাহায্য করে।
৫। পুচ্ছ পাখনাঃ লেজের পিছনে একটি পুচ্ছ পাখনা আছে। ইহা দুটি অংশে বিভক্ত এবং হোমোসার্কাল। এতে ১৯টি পাখনা রশ্মি থাকে। ইহা মাছের প্রধান চলন অঙ্গ হিসেবে কাজ করে।