যে সব প্রোটিনকে আর্দ্র বিশ্লেষণ করলে অ্যামাইনো এসিড ও অন্যান্য উপাদান পাওয়া যায় তাকে কনজুগেটেড প্রোটিন বলে। কনজুগেটেড প্রোটিনের দু’টি অংশ থাকে। প্রোটিন অংশ ও অপ্রোটিন অংশ। প্রোটিন অংশকে অ্যাপো এনজাইম এবং অপ্রোটিন অংশকে প্রোসথেটিক গ্রুপ বলে। প্রোসথেটিক গ্রুপের উপর নির্ভর করে কনজুগেটেড প্রোটিনগুলো হলো-
১। নিউক্লিওপ্রোটিন (Nucleoprotein)ঃ যে সব প্রোটিন অ্যামাইনো এসিড ও নিউক্লিক এসিড দ্বারা গঠিত হয় তাদেরকে নিউক্লিওপ্রোটিন বলে। এ সব প্রোটিন ক্রোমোজোমে অবস্থান করে। ইহা পানিতে দ্রবণীয়। কোষের নিউক্লিয়াস, ভাইরাস ও রাইবোজোমে এ প্রোটিন পাওয়া যায়। যেমন- ক্রোমাটিন।
২। গ্লাইকোপ্রোটিন বা মিউকোপ্রোটিন (Glycoprotein)ঃ যে সব প্রোটিন অ্যামাইনো এসিড ও শর্করা বা গ্লুকোজ দ্বারা গঠিত হয় তাদেরকে গ্লাইকোপ্রোটিন বলে। এই প্রোটিনে গ্লুকোজের পরিবর্তে ফ্রুক্টোজ থাকলে মিউকোপ্রোটিন এবং গ্যালাকটোজ থাকলে গ্যালাক্টোপ্রোটিন বলে। ইহা ক্ষারে দ্রবণীয়। কোষপর্দা, জেলীফিস ও লালারসে এ প্রোটিন থাকে। যেমন- থাইরোগ্লোবিন (থাইরয়েড), প্লাজমা গ্লাইকোপ্রোটিন (যকৃত), ইমিউনোগ্লোবিন (রক্তকণিকা), রাইবোনিউক্লিয়েজ (RNA), ডিঅক্সিরাইবোনিউক্লিয়েজ (DNA), মিউসিন, পেপটাইডোগ্লাইকান (ব্যাকটেরিয়া), ওভোঅ্যালবুমিন (ডিম্বনালি)।
৩। লিপোপ্রোটিন (Lipoprotein)ঃ প্রোটিন এবং লিপিড মিলিত হয়ে যে জৈব যৌগ গঠন করে তাকে লিপোপ্রোটিন বলে। ইহা পানিতে দ্রবণীয়, কিন্তু জৈব দ্রাবকে অদ্রবণীয়। ইহা বিভিন্ন ধরনের অঙ্গাণুর ঝিল্লি বা মেমব্রেন গঠন করে। লিপোপ্রোটিন ৫ ধরনের হয়। Chylomicrons, VLDL, LDL, IDL ও HDL।
৪। ফসফোপ্রোটিন (Phosphoprotein)ঃ যে সব প্রোটিন অ্যামাইনো এসিড ও ফসফেট বা ফসফোরাস দ্বারা গঠিত হয় তাদেরকে ফসফোপ্রোটিন বলে। ইহা পানিতে অদ্রবণীয়, কিন্তু জৈব দ্রাবকে দ্রবণীয়। যেমন- কেসিন (দুধ), ওভোভাইটেলিন (ডিম) প্রভৃতি।
৫। ক্রোমোপ্রোটিন (Chromoprotein)ঃ যে প্রোটিনের প্রোসথেটিক গ্রুপটি রঞ্জক পদার্থ দ্বারা গঠিত তাকে ক্রোমোপ্রোটিন বলে। যেমন- বিলিরুবিন, ক্লোরোফিল, হিমোগ্লোবিন, ক্যারোটিনয়েড, ফ্ল্যাভোপ্রোটিন, রডোপসিন, বিলিপ্রোটিন, মায়োগ্লোবিন, সাইটোক্রোম, হিমোসায়ানিন প্রভৃতি।
৬। মেটালোপ্রোটিন (Metalloprotein)ঃ যে প্রোটিনের প্রোসথেটিক গ্রুপটি কোন ধাতু (Fe, Mn, Mg, Zn, Cu, Co, Mo) দ্বারা গঠিত তাকে মেটালোপ্রোটিন বলে। যেমন- সিডারোফিলিন, সেরুলোপ্লাজমিন, ফেরিডক্সিন, সাইটোক্রোম, অক্সিডেজ, ফেরিটিন, নাইট্রোজিনেজ, হিমোগ্লোবিন প্রভৃতি।
৭। ফ্ল্যাভোপ্রোটিন (Flavoprotein)ঃ যে প্রোটিন ফ্ল্যাভিন যৌগের (FAD) সাথে যুক্ত থাকে তাকে ফ্ল্যাভোপ্রোটিন বলে। যেমন- সালফাইড রিডাক্টেজ, সাকসিনেট ডিহাইড্রোজিনেজ, NADH-ডিহাইড্রোজিনেজ প্রভৃতি।
৮। পোরফাইরিন বা সাইটোক্রোম প্রোটিন (Porphyrine) ঃ যে প্রোটিন পোরফাইরিন লৌহ বা সাইটোক্রোমের সাথে যুক্ত থাকে তাকে পোরফাইরিন বা সাইটোক্রোম প্রোটিন বলে। যেমন- সাইটোক্রোম- b।