১। গবেষণাগার স্থাপন ব্যয়বহুল।
২। প্রয়োজনীয় যন্ত্রপাতি ও রাসায়নিক উপকরণ দুষ্প্রাপ্য।
৩। বিশেষজ্ঞ ও শিক্ষিত জনবলের অভাব।
৪। গবেষণাগারে আবাদ টিস্যু জীবাণু দ্বারা আক্রান্ত হতে পারে।
৫। উৎপাদিত চারা বিক্রি না হওয়া।
৬। সঠিকভাবে রক্ষণাবেক্ষণের অভাবে চারা জীবাণু দ্বারা আক্রান্ত হওয়া।
৭। কোন নতুন প্রকরণ সৃষ্টি না হওয়া।
৮। উৎপন্ন চারা ক্ষুদ্র হওয়ায় স্থানান্তরে অসুবিধা হয়।
৯। প্রথম অবস্থায় উৎপন্ন চারার মূল্য অনেক বেশি হয়।
১০। বিলম্বে ফল উৎপন্ন হয়।