কঙ্কালতন্ত্রকে দুই ভাগে ভাগ করা হয়েছে।
১। বহিঃকঙ্কালতন্ত্রঃ দেহের বাইরে থেকে যে কঙ্কালতন্ত্রের অস্তিক্ত চোখে পড়ে তাকে বহিঃকঙ্কালতন্ত্র বলে। নখ, দাঁত, লোম প্রভৃতি এ তন্ত্রের অন্তর্ভূক্ত।
২। অন্তঃকঙ্কালতন্ত্রঃ যে কঙ্কাল দেহের অভ্যন্তরিণ কাঠামো গঠন করে তাকে অন্তঃকঙ্কালতন্ত্র বলে। মানব অন্তঃকঙ্কালতন্ত্রকে প্রধান দু’টি ভাগে ভাগ করা হয়েছে।
(ক) অক্ষীয় কঙ্কালতন্ত্র
(খ) উপাঙ্গীয় কঙ্কালতন্ত্র