রাসায়নিক বিক্রিয়ার প্রকৃতি অনুসারে এনজাইমকে ৯টি শ্রেণীতে ভাগ করা হয়েছে। এ গুলো হলো-
(i) অক্সিডোরিডাকটেজঃ যে এনজাইম কোন পদার্থের সাথে হাইড্রোজেন, অক্সিজেন কিংবা ইলেকট্রন যুক্ত করে অথবা কোন পদার্থ থেকে হাইড্রোজেন, অক্সিজেন কিংবা ইলেকট্রন মুক্ত করে তাকে অক্সিডোরিডাকটেজ এনজাইম বলে। ইহা জারণ-বিজারণ ঘটায় বলে একে জারণ-বিজারণ এনজাইমও বলা হয়। যেমন- ফসফোগ্লিসারালডিহাইড ডিহাইড্রোজিনেজ, ক্যাটালেজ, সাইটোক্রোম অক্সিডেজ, গ্লুকোঅক্সিডেজ, রিডাকটেজ প্রভৃতি।
(ii) হাইড্রোলাইটিক/হাইড্রোলেজ এনজাইমঃ যে এনজাইম কোন পদার্থের বিশেষ বন্ধনীর সাথে পানির অণুর সংযোগ ঘটিয়ে ঐ পদার্থটিকে ভাঙ্গে তাকে হাইড্রোলাইটিক এনজাইম বলে। যেমন- প্রোটিয়েজ, সুক্রেজ, ফসফেটেজ, এস্টারেজ, লাইপেজ, কার্বোহাইড্রেজ, নিউক্লিয়েজ, পেপসিন, ইনভার্টেজ, ইউরেজ, অ্যামাইলেজ, মল্টেজ, ট্রিপসিন প্রভৃতি।
(iii) ট্রান্সফারেজঃ যে এনজাইম কোন পদার্থ হতে একটি গ্রুপকে মুক্ত করে অপর একটি পদার্থের সাথে যুক্ত করে তাকে ট্রান্সফারেজ এনজাইম বলে। যেমন- হেক্সোকাইনেজ, কাইনেজ, ট্রান্স অ্যামাইলেজ, ট্রান্স অ্যাসিটাইলেজ, ডিকার্বোক্সিলেজ, মিথাইলেজ, প্রোটিন কাইনেজ, পলিমারেজ ইত্যাদি।
(iv) আইসোমারেজঃ যে এনজাইম কোন পদার্থকে তার আইসোমারে পরিনত করে তাকে আইসোমারেজ এনজাইম বলে। যেমন- ফসফোগ্লুকোআইসোমারেজ, ফসফোগ্লুকোমিউটেজ, রেসিম্যাসেজ, মিউটেজ প্রভৃতি।
(v) লাইগেজঃ যে এনজাইম ATP থেকে শক্তি নিয়ে দুই বা ততোধিক সাবস্ট্রেটকে যুক্ত করে একটি নতুন যৌগ গঠন করে তাকে লাইগেজ বলে। যেমন- গ্লুটামিক সিনথেটেজ, অ্যাসিটাইল কো-এ সিনথেটেজ, অ্যাসপারটিক সিনথেটেজ, সাকসিনিক থায়োকাইনেজ, পাইরুভিক কার্বোক্সিলেজ ইত্যাদি।
(vi) লাইয়েজঃ যে এনজাইম পদার্থের কার্বন-কার্বন, কার্বন-অক্সিজেন ও কার্বন-নাইট্রোজেন বন্ধনী বা যোজকের উপর কাজ করে তাকে লাইয়েজ বলে। যেমন- আইসোসাইট্রেট, লাইয়েজ, সাইট্রিক সিনথেটেজ, অ্যালডোলেজ, ফিউমারেজ, ডিকার্বোক্সিলেজ, ডিহাইড্রাটেজ, হাইড্রোলাইয়েজ প্রভৃতি।
(vii) কার্বোক্সিলেজঃ যে এনজাইম কোন পদার্থের সাথে CO2-কে যুক্ত করে অথবা কোন পদার্থ হতে CO2 কে মুক্ত করে তাকে কার্বোক্সিলেজ এনজাইম বলে। যেমন- কার্বোক্সিলেজ।
(viii) ফসফোরাইলেজ এনজাইমঃ যে এনজাইম কোন পদার্থের সাথে ফসফেট গ্রুপ যুক্ত করে অথবা কোন পদার্থ হতে ফসফেট গ্রুপ মুক্ত করে তাকে ফসফোরাইলেজ এনজাইম বলে। যেমন- ফসফোফ্রুক্টোকাইনেজ, ফসফোরাইলেজ, পাইরুভিক এসিড কাইনেজ প্রভৃতি।
(ix) এপিমারেজঃ যে এনজাইম কোন পদার্থকে তার এপিমারে পরিনত করে তাকে এপিমারেজ এনজাইম বলে। এপিমার অণুগুলো কেবলমাত্র একটি কার্বন পরমাণুর কনফিগারেশন দিয়ে পার্থক্য মন্ডিত হয়। যেমন- এপিমারেজ।