(i) ব্যাকটেরিয়া উদ্ভিদ ও প্রাণীর মৃতদেহকে পচিয়ে মাটির সাথে মিশিয়ে দেয়। ফলে মাটির জৈব উপাদান বেড়ে যায় এবং উর্বরতা বৃদ্ধি পায়।
(ii) Azotobacter, Pseudomonas, Clostridium প্রভৃতি ব্যাকটেরিয়া বায়ু থেকে নাইট্রোজেন ধরে মাটির সাথে মিশিয়ে দেয়। Rhizobium ব্যাকটেরিয়া শিম জাতীয় উদ্ভিদের মূলে বায়ু থেকে নাইট্রোজেন সংবন্ধন করে। বর্তমানে Rhizobium কে জীবাণুসার হিসেবে ব্যবহার করা হচ্ছে। মসুর ডালের মূলে Rhizobium এর তিনটি প্রজাতি নডিউল সৃষ্টি করে। এগুলো হলো- Rhizobium bangladashense, Rhizobium bine এবং Rhizobium lentis। বাংলাদেশী বিজ্ঞানী ড. হারুন অর রশিদ এই তিনটি প্রজাতি আবিষ্কার করেছেন।
(iii) নাইট্রিফিকেশন প্রক্রিয়ায় নাইট্রিফাইং ব্যাকটেরিয়ার প্রভাবে অ্যামোনিয়া থেকে নাইট্রাইট উৎপন্ন হয়। পরে নাইট্রাইট থেকে নাইট্রেট উৎপন্ন হয়। নাইট্রেট মাটির উর্বরতা বৃদ্ধি করে।
(iv) ব্যাকটেরিয়া পরিবেশের জৈব বর্জ্যকে ভেঙ্গে সরল উপাদানে পরিনত করে। জটিল উপাদানকে জারিত করে পুনঃব্যবহার উপযোগী করে তোলে। এ কারণে ব্যাকটেরিয়াকে প্রাকৃতিক ঝাড়–দার বলা হয়। Pseudomonas, Nocardia, Mycobacterium প্রভৃতি ব্যাকটেরিয়া পেট্রোলিয়াম বর্জ্যকে অক্সিজেনের উপস্থিতিতে সরল উপাদানে পরিনত করে।
(v) বর্তমানে ব্যাকটেরিয়ার সাহায্যে গোবর ও ময়লা আবর্জনা পচিয়ে জৈব সার তৈরী করা হচ্ছে।
(vi) জেনেটিক ইঞ্জিনিয়ারিং-এ Agrobacterium tumefaciens ও E. coli ব্যাকটেরিয়া ব্যবহার করে রোগ প্রতিরোধী উচ্চ ফলনশীল ফসল উদ্ভাবন করা হয়েছে। এসব ফসলে কীটনাশক, ছত্রাকনাশক ও রাসায়নিক সার প্রয়োগ করতে হয় না। ফলে জমির উর্বরতা নষ্ট হয় না।