১। Thiobacillus, Bacillus denitrificans ও Microbacillus ব্যাকটেরিয়া ডিনাইট্রিফিকেশন প্রক্রিয়ায় মাটির নাইট্রেটকে ভেঙ্গে নাইট্রোজেন মুক্ত করে। এতে মাটিতে উদ্ভিদের পুষ্টি উপাদানের অভাব হয়। মাটির উর্বরতা শক্তি হ্রাস পায় এবং ফসল উৎপাদন কমে যায়।
২। Desulfovibrio ব্যাকটেরিয়া ডিসালফিউরিকেশন প্রক্রিয়ায় মাটির সালফেট লবণকে ভেঙ্গে হাইড্রোজেন সালফাইড গ্যাস মুক্ত করে। এতে উদ্ভিদের পুষ্টি গ্রহণে ব্যাপক ক্ষতি হয়।