এনজাইম গ্লোবিউলার ধরণের প্রোটিন দ্বারা গঠিত। প্রোটিনের মুল গাঠনিক উপাদান হলো অ্যামাইনো এসিড। এনজাইমে ৬২-২,৫০০ ধরণের অ্যামাইনো এসিড থাকতে পারে। যে সব এনজাইম শুধু প্রোটিন দ্বারা গঠিত তাদেরকে সরল এনজাইম বলে। অনেক এনজাইমে প্রোটিন ছাড়াও অন্যান্য উপাদান থাকে। যে সব এনজাইম প্রোটিন ও অপ্রোটিন অংশ দ্বারা গঠিত তাকে কনজুগেটেড এনজাইম বলে। কনজুগেটেড এনজাইমের প্রোটিন অংশকে অ্যাপো-এনজাইম এবং অপ্রোটিন অংশকে প্রোসথেটিক গ্রুপ বলে। অ্যাপো-এনজাইম ও প্রোসথেটিক গ্রুপকে একত্রে হলোএনজাইম বলে। প্রোসথেটিক গ্রুপটি কোন ধাতু দ্বারা গঠিত হলে কো-ফ্যাক্টর এবং কোন জৈব রাসায়নিক পদার্থ দ্বারা গঠিত হলে কো-এনজাইম বলে।