ক্রিয়াস্থলের ভিত্তিতে এনজাইম দুই প্রকার।
(i) এন্ডোএনজাইমঃ যে সব এনজাইম কোষের ভিতরে ক্রিয়া করে তাকে এন্ডোএনজাইম বলে। যেমন- ক্যালভিন চক্রের এনজাইম, হ্যাচ-স্ল্যাক চক্রের এনজাইম, ক্রেব্স চক্রের এনজাইম ও গ্লাইকোলাইসিস প্রক্রিয়ার এনজাইম।
(ii) এক্সোএনজাইমঃ যে সব এনজাইম কোষের বাইরে ক্রিয়া করে তাকে এক্সোএনজাইম বলে। যেমন- লাইসোজাইম, পরিপাক এনজাইম প্রভৃতি।