শৈবাল থেকে Biofuel বাv Biodiesel তৈরী করা হয়। তাই শৈবালকে Second generation biofuels নামে অভিহিত করা হয়। Biofuel তৈরীতে Botryococcus braunii শৈবাল ব্যবহৃত হচ্ছে। Chlorella ও Scenedesmus শৈবাল হতে বায়োফুয়েল তৈরীর চেষ্টা চলছে। সম্প্রতি গবেষকগণ মাইক্রোঅ্যালগাল বায়োম্যাস থেকে তৃতীয় প্রজন্মের জৈব জ¦ালানি (Third generation biofuels) উৎপাদনের চেষ্টা করছে। কিছু মাইক্রো-অ্যালগাল প্রজাতি Kirchneriella lunaris, Ankistrodesmus fusiformis, Ankistrodesmus falcatus, Chlamydocapsa bacillus, Chlorella, Scenedesmus প্রভৃতি থেকে বায়োডিজেল উৎপাদনের পদক্ষেপ নেওয়া হয়েছে।