রুই মাছে শ^সন দুইটি ধাপে সম্পন্ন হয়। প্রশ্বাস বা শ্বাস গ্রহণ এবং নিঃশ্বাস বা শ্বাস ত্যাগ।
১। প্রশ্বাস বা শ্বাস গ্রহণঃ রুই মাছ পানিতে দ্রবীভূত অক্সিজেন গ্রহণ করে শ্বসন ক্রিয়া ঘটায়। একমুখী পানি প্রবাহের জন্য মুখছিদ্র দিয়ে পানি প্রবেশ করে এবং ফুলকা ছিদ্র দিয়ে বের হয়ে যায়। এক্ষেত্রে মুখবিবর ও গলবিল পাম্পযন্ত্র হিসেবে কাজ করে। প্রথমে মুখবিবর ও গলবিল প্রসারিত হয় এবং মুখছিদ্র খুলে যায়। পানি মুখবিবর ও গলবিলে প্রবেশ করে। এরপর ফুলকা প্রকোষ্ঠের সামনের দিক প্রসারিত হয় এবং পানি ফুলকা প্রকোষ্ঠে প্রবেশ করে। অতঃপর ফুলকা প্রকোষ্ঠের চাপ কমে যায় এবং পানি ফুলকার উপরের দিকে প্রবাহিত হয়। সবশেষে মুখবিবর ও ফুলকা প্রকোষ্ঠ সংকুচিত হয়। এসময় মৌখিক কপাটিকা বন্ধ থাকে যাতে পানি বের হয়ে যেতে না পারে।
২। নিঃশ্বাস বা শ্বাস ত্যাগঃ গলবিলের সঙ্কোচনের কারণে পানি ফুলকার উপরের দিকে উঠে যায়। ফুলকার ল্যামিলা পানি দ্বারা প্লাবিত হয়। ল্যামিলার কৈশিক জালিকার রক্ত ও পানির মধ্যে গ্যাসীয় বিনিময় ঘটে। পানি হতে অক্সিজেন রক্তে প্রবেশ করে এবং রক্ত হতে কার্বন ডাই অক্সাইড পানিতে মিশে যায়। অক্সিজেন রক্তের মাধ্যমে দেহে চলে যায় এবং কার্বন ডাই অক্সাইড পানির মাধ্যমে বাইরে নির্গত হয়।