১। অঙ্গজ প্রজননে সৃষ্ট উদ্ভিদ সহজেই ভাইরাস, ব্যাকটেরিয়া ও ছত্রাক দ্বারা আক্রান্ত হয়। ফলে উদ্ভিদের মৃত্যু ঘটতে পারে।
২। অঙ্গজ প্রজননে উৎপন্ন উদ্ভিদে বৈচিত্র্য বা প্রকরণ সৃষ্টি হয় না।
৩। অঙ্গজ প্রজননে উৎপন্ন উদ্ভিদের অভিযোজন ক্ষমতা কম হয়।
৪। এই প্রক্রিয়ায় অসংখ্য উদ্ভিদ গাদাগাদি করে জন্মায় এবং খাদ্য ও স্থানের অভাবে সহজেই মারা যায়।