১। এককোষীঃ যে সব ছত্রাক একটি মাত্র কোষ দ্বারা গঠিত তাকে এককোষী ছত্রাক বলে। এরা ঈস্ট নামে পরিচিত। এরা হলোকার্পিক ছত্রাক। এদের সম্পূর্ণ দেহ জননাঙ্গে পরিনত হয়। যেমন- Saccharomyces, Synchytrium, Physarum.
২। সিউডোমাইসেলিয়ামঃ কোন কোন ছত্রাক মুকুল সৃষ্টি করে। মুকুলগুলো বিচ্ছিন্ন না হয়ে সূত্রাকার গঠন সৃষ্টি করে। একে সিউডোমাইসেলিয়াম বলে। যেমন- Saccharomyces.
৩। ফিলামেন্টাসঃ বহুকোষী ছত্রাকের মাইসেলিয়াম সূত্রাকার ও শাখান্বিত হয়। এরা সরু ও সূত্রাকার হাইফি বা অণুসূত্র দ্বারা গঠিত। হাইফি গুলো পরস্পর মিলিত হয়ে মাইসেলিয়াম গঠন করে। মাইসেলিয়াম সেপ্টা বা ব্যবধায়কবিশিষ্ট অথবা ব্যবধায়ক বিহীন হতে পারে। যে সব মাইসেলিয়ামে সেপ্টা বা প্রস্থপ্রাচীর থাকে তাকে অ্যাসিনোসাইটিক বা সেপ্টেট বলে। Penicillium ও Agaricus হলো অ্যাসিনোসাইটিক। যে সব মাইসেলিয়ামে সেপ্টা বা প্রস্থপ্রাচীর থাকে না তাকে সিনোসাইটিক মাইসেলিয়াম বলে। সিনোসাইটিক মাইসেলিয়ামের কোষে একাধিক নিউক্লিয়াস থাকে। একে সিনোসাইট বলে। Mucor ও Saprolegnia হলো অ্যাসিনোসাইটিক।
৪। রাইজয়েডঃ বহুকোষী ছত্রাকের মাইসেলিয়াম থেকে খাদ্য শোষণকারী রাইজয়েড বা হস্টোরিয়া উৎপন্ন হয়। একে রাইজোমাইসেলিয়াম বলে। ইহা পরিবেশ থেকে খাদ্য শোষণ করে। যেমন- Rhizopodium, Rhizopus, Agaricus প্রভৃতি।
৫। প্রোজেনকাইমাঃ ছত্রাকের ছোট, গোলাকার ও একাধিক নিউক্লিয়াসবিশিষ্ট কোষের বিন্যাসকে প্রোজেনকাইমা বলে।
৬। রাইজোমর্ফঃ ছত্রাকের মাইসেলিয়ামগুলো পরস্পর যুক্ত হয়ে স্থুল ও শক্ত রশির মতো অঙ্গ সৃষ্টি করলে তাকে রাইজোমর্ফ বলে। রাইজোমর্ফ অনুকূল পরিবেশে অংকুরিত হয়ে নতুন মাইসেলিয়াম গঠন করে। যেমন- Agaricus, Alternaria প্রভৃতি।
৭। স্কে¬রোশিয়ামঃ ছত্রাকের হাইফি জড়াজড়ি করে গোলাকার বা বেলনাকার শক্ত ও জটিল গঠন সৃষ্টি করলে তাকে স্কে¬রোশিয়াম বলে। যেমন- Agaricus.
৮। মাইকোরাইজাঃ মাইসেলিয়াম জালের মতো গঠন সৃষ্টি করলে তাকে মাইকোরাইজাল ছত্রাক বলে। এরুপ ছত্রাকের মিথোজীবীতাকে মাইকোরাইজা বলে। যেমন- Amanita , Saprolegnia প্রভৃতি।