অধিকাংশ ছত্রাক ভেজা ও আর্দ্র পরিবেশে জন্মে। মৃতজীবী ছত্রাক মৃত বা পচা জীবদেহে জন্মে এবং সেখান থেকে পুষ্টি সংগ্রহ করে। পরজীবী ছত্রাক উদ্ভিদ ও প্রাণীদেহের উপরে জন্মে। পরজীবী ছত্রাক আবার অন্তঃপরজীবী, বহিঃপরজীবী, আন্তঃকোষীয় এবং অন্তঃকোষীয় হতে পারে। যে সব মৃতজীবী ছত্রাক শাকাশী প্রাণীর বিষ্ঠার উপর জন্মে তাকে কপ্রোফিলাস বলে। শৈবাল ও ছত্রাক মিথোজীবী হিসেবে বাস করে। উচ্চশ্রেণীর উদ্ভিদের পাতা ও মূলে এরা মিথোজীবী হিসেবে বাস করতে পারে। এই ধরনের ছত্রাককে মাইকোরাইজাল ছত্রাক এবং এরুপ সম্পর্ককে মাইকোরাইজা বলে। পরাশ্রয়ী ছত্রাক উচ্চশ্রেণীর উদ্ভিদের বাকলে বা বহির্ভাগে বাস করে।