আধুনিক ধারণায় ছত্রাককে Mycota রাজ্যের অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছে। Mycota-কে দুইটি বিভাগে ভাগ করা হয়েছে। Mixomycota ও Eumycota। মারগিউলিস আধুনিক শ্রেণীবিন্যাসে ছত্রাককে পাঁচটি ফাইলামে বিভক্ত করেছেন।
১। জাইগোমাইকোটা (Zygomycota)ঃ জাইগোমাইকোটা বিভাগের ছত্রাককে জাইগোট ছত্রাক বলা হয়। এই বিভাগের সবচেয়ে পরিচিত ছত্রাক হলো ছাতলা বা মোন্ড ছত্রাক। এদের অধিকাংশই স্থলজ প্রকৃতির এবং মাটি, পচনশীল উদ্ভিদ বা প্রাণীদেহে জন্মে। এরা জুস্পোর ও অ্যাপ্লানোস্পোর উৎপন্ন করে। যৌন জননের সময় এরা জাইগোস্পোর উৎপন্ন করে। এই বিভাগে প্রজাতির সংখ্যা ১,০৫০।
কয়েকটি ছত্রাক- Rhizopus, Mucor, Blakeslea, Mortierella প্রভৃতি।
২। অ্যাসকোমাইকোটা (Ascomycota)ঃ অ্যাসকোমাইকোটা বিভাগের ছত্রাককে থলি ছত্রাক বলা হয়। থলে ছত্রাক পৃথিবীর সর্বত্র পাওয়া যায়। এরা মিথোজীবী হিসেবে বাস করে। ব্রেকিং ঈস্ট, ফিশন ঈস্ট, মোরেল, টাফেল প্রভৃতি ছত্রাক এই বিভাগের অন্তর্ভুক্ত। থলে ছত্রাক অ্যাস্কোস্পোর দ্বারা সংখ্যা বৃদ্ধি করে। এই বিভাগে প্রজাতির সংখ্যা ৬৪,০০০।
কয়েকটি ছত্রাক- Penicillium, Saccharomyces, Candida, Aspergillus প্রভৃতি।
৩। ব্যাসিডিওমাইকোটা (Basidiomycota)ঃ ব্যাসিডিওমাইকোটা বিভাগের ছত্রাককে মুগুর ছত্রাক বলা হয়। মাশরুম, জেলি ও শেল্ফ ছত্রাক, পাফবল এবং স্টিংহর্ন ছত্রাক এই বিভাগের অন্তর্ভুক্ত। বাস্তুতান্ত্রিক ভাবে এরা অত্যন্ত জীবনীয়, কারণ এরা মৃত উদ্ভিদের পচন ঘটায়। এরা ব্যাসিডিওস্পোর উৎপন্ন করে। এই বিভাগে প্রজাতির সংখ্যা ৩০,০০০।
কয়েকটি ছত্রাক- Agaricus, Calvatia, Puccinia, Mixia প্রভৃতি।
৪। ডিউটেরোমাইকোটা (Deuteromycota)ঃ ডিউটেরোমাইকোটা বিভাগের ছত্রাককে অসম্পূর্ণ ছত্রাক বলা হয়। এরা জুস্পোর ও অ্যাপ্লানোস্পোর উৎপন্ন করে। এই বিভাগের ছত্রাকদের যৌনজনন সম্পুর্ণরুপে জানা যায় নাই। কোন কোন প্রজাতি থেকে পেনিসিলিন উৎপাদন করা হয়। কোন কোন প্রজাতি দাদ রোগ সৃষ্টি করে। এই বিভাগে প্রজাতির সংখ্যা ২৫,০০০।
কয়েকটি ছত্রাক- Penicillium, Dermea, Lecanicillium, Pochonia প্রভৃতি।
৫। মাইকোফাইকোফাইটা (Mycophycophyta)ঃ মাইকোফাইকোফাইটা বিভাগের ছত্রাককে ডিম্ব ছত্রাক বলা হয়। ডিম্ব ছত্রাকদেরকে ওয়াটার মোন্ড বলা হয়। যৌন জননের সময় এরা উওগোনিয়া সৃষ্টি করে। এরা উদ্ভিদ ও প্রাণীদেহে রোগ সৃষ্টি করে। জুস্পোর ও অ্যাপ্লানোস্পোর উৎপন্ন করে। এই বিভাগে প্রজাতির সংখ্যা ৫০০।
কয়েকটি ছত্রাক- Saprolegnia, albugo, Apodachlya, Lagenidium প্রভৃতি।