ছত্রাক পরিবেশের দূষক পদার্থকে বিশ্লিষ্ট করে পরিবেশকে দূষণমুক্ত করে। এই প্রক্রিয়াকে বায়োরিমেডিয়েশন (Bioremediation) বলে। ছত্রাক বর্জ্য পদার্থকে বিশ্লিষ্ট করে পরিবেশে কার্বন ও অন্যান্য মৌল ফিরিয়ে দেয় যা পরবর্তীতে সবুজ উদ্ভিদ ব্যবহার করে। ফলে পরিবেশ বিশুদ্ধ থাকে এবং জীবের জন্য নিরাপদ হয়।