১। খাদ্যে অতিরিক্ত প্রোটিন থাকে যা দেহের জন্য ক্ষতিকর।
২। এলার্জি সৃষ্টি হতে পারে।
৩। দেশী জাতের ফসল হারিয়ে যেতে পারে।
৪। সাধারণ মানুষকে খাদ্য উৎপাদনকারী কোম্পানীর উপর নির্ভরশীল হতে হবে।
৫। স্বাভাবিক বাজার ব্যবস্থা অসাধু ব্যবসায়ীদের হাতে চলে যেতে পারে।
৬। ক্ষতিকর পতঙ্গগুলো কীটনাশক প্রতিরোধী হয়ে উঠতে পারে।
৭। স্বাভাবিক ইকোসিস্টেমের উপর বিরুপ প্রতিক্রিয়া সৃষ্টি হয়।
৮। অ্যান্টিবায়োটিক প্রতিরোধী জিন মানুষের দেহে ক্ষতি করতে পারে।
৯। মানুষের দেহে অ্যালার্জেন, কার্সিনোজেন (ক্যান্সার সৃষ্টিকারী) প্রভৃতি সৃষ্টি হতে পারে।
১০। জিনের বিশুদ্ধতা নষ্ট হতে পারে।
১১। প্রকৃতিতে আগাছানাশক প্রতিরোধী অতি আগাছা সৃষ্টি হতে পারে।
১২। ট্রান্সজেনিক জীব সৃষ্টি ব্যয় বহুল এবং সময় সাপেক্ষ।