অক্সিজেনের উপস্থিতি বা অনুপস্থিতির ভিত্তিতে ব্যাকটেরিয়াকে দুই ভাগে ভাগ করা হয়েছে।
১। বায়ুজীব ব্যাকটেরিয়াঃ যে সব ব্যাকটেরিয়া অক্সিজেনের উপস্থিতি ছাড়া বেঁচে থাকতে পারে না তাকে বায়ুজীবী ব্যাকটেরিয়া বলে। যেমন- Bacillus anthracis, Azobacter beijerinckii.
২। অবায়ুজীব ব্যাকটেরিয়াঃ যে সব ব্যাকটেরিয়া অক্সিজেনের উপস্থিতি ছাড়া বেঁচে থাকতে পারে তাকে অবায়ুজীবী ব্যাকটেরিয়া বলে। যেমন- Clostridium tetani.