গঠনের উপর ভিত্তি করে এনজাইমকে দুই ভাগে ভাগ করা হয়েছে। এ গুলো হলো-
(i) সরল এনজাইমঃ যে এনজাইম শুধু মাত্র প্রোটিন দ্বারা গঠিত তাকে সরল এনজাইম বলে। যেমন- প্রোটিয়েজ, অ্যামাইলেজ প্রভৃতি।
(ii) যৌগিক এনজাইমঃ যে এনজাইম প্রোটিন এবং অন্যান্য পদার্থ দ্বারা গঠিত তাকে যৌগিক এনজাইম বা কনজুগেটেড এনজাইম বলে। কনজুগেটেড এনজাইমের দু’টি অংশ থাকে। প্রোটিন অংশ ও অপ্রোটিন অংশ। প্রোটিন অংশকে অ্যাপো এনজাইম এবং অপ্রোটিন অংশকে প্রোসথেটিক গ্রুপ বলে