আকৃতির উপর ভিত্তি করে প্রোটিন দুই প্রকার।
(i) তন্তুময় প্রোটিন (Fibrous protein)ঃ যে প্রোটিনে কয়েকটি পলিপেপটাইড শিকল যুক্ত হয়ে তন্তুর ন্যায় গঠন সৃষ্টি করে তাকে তন্তুময় প্রোটিন বলে। এদের গঠনে হাইড্রোফোবিক অ্যামাইনো এসিড থাকে বলে পানিতে অদ্রবণীয় হয়। ইহা জীবের যান্ত্রিক ও গাঠনিক সমর্থন দান করে। যেমন- ফাইব্রিন, কোলাজেন, ইলাস্টিন, α-কেরাটিন প্রভৃতি।
(ii) গোলাকার প্রোটিন (Rounded protein)ঃ যে প্রোটিনে গোলাকার গঠন থাকে তাকে গোলাকার প্রোটিন বলে। জীবদেহের অধিকাংশ প্রোটিনই গোলাকার প্রোটিন। টারসিয়ারী ও কোয়াটার্নারী গঠন হলো গোলাকার প্রোটিন। ইহা পানিতে দ্রবণীয়, কিন্তু জৈব দ্রাবকে অদ্রবণীয়। ইহা জীবের যান্ত্রিক ও গাঠনিক সমর্থন দান করে। যেমন- মায়োগ্লোবিন, হিমোগ্লোবিন, সাইটোক্রোম-সি প্রভৃতি।