১। কোষপ্রাচীরঃ ছত্রাকের কোষপ্রাচীর শক্ত ও মজবুত। ইহা কাইটিন, সেলুলোজ ও গ্লুকান দ্বারা গঠিত। এছাড়া এতে ক্যালোজ, লিগনিন ও অন্যান্য জৈব পদার্থ থাকে। ইহা প্রোটোপ্লাস্টকে সংরক্ষণ করে।
২। প্লাজমাপর্দাঃ কোষপ্রাচীরের ভিতরে অবস্থিত সুক্ষ্ম পাতলা পর্দাকে প্লাজমাপর্দা বলে। ইহা লিপিড ও প্রোটিন দ্বারা গঠিত। কোষপ্রাচীর ও প্লাজমাপর্দার মাঝখানে ক্ষুদ্র দানাদার ভেসিকল বা নলাকার গঠন থাকে। একে লোমাসোম বলে। ছত্রাকের কোষঝিল্লির অন্যতম উপাদান হলো আর্গোস্টেরল।
৩। সাইটোপ্লাজমঃ কোষ প্রাচীরের ভিতরে অবস্থিত কোষের সকল সজীব অংশকে সাইটোপ্লাজম বলে। ইহা বর্ণহীন, দানাদার ও জেলির ন্যায় পদার্থ দ্বারা গঠিত। এতে লাইসোসোম, রাইবোসোম, এন্ডোপ্লাজমিক জালিকা, গলজিবস্তু প্রভৃতি থাকে। এতে সঞ্চিত খাদ্য হিসেবে গ্লাইকোজেন ও চর্বি থাকে। তবে সালোসংশ্লেষণকারী বর্ণকণিকা থাকে না।
৪। নিউক্লিয়াসঃ ছত্রাক হলো প্রকৃতকোষী জীব। এর কোষে সুগঠিত নিউক্লিয়াস থাকে। হাইফার নিউক্লিয়াস ক্ষুদ্র ক্ষুদ্র এবং জননকোষের নিউক্লিয়াস বড়। ছত্রাকের কোষে একটি নিউক্লিয়াস থাকলে তাকে মনোক্যারিওটিক, দুইটি নিউক্লিয়াস থাকলে তাকে ডাইক্যারিওটিক এবং বহু নিউক্লিয়াস থাকলে তাকে হেটারোক্যারিওটিক বলে।
৫। কোষগহ্বরঃ ছত্রাকে একটি বড় গহ্বর অথবা অসংখ্য ক্ষুদ্র ক্ষুদ্র গহ্বর থাকে। সাধারণত পুরাতন কোষে কোষগহŸর থাকে। কোষগহ্বরে অ্যামাইনো এসিড, হাইড্রোলেজ প্রভৃতি থাকে।
৬। প্লেকটেনকাইমাঃ কোন কোন ছত্রাকের হাইফি মিলে ছত্রাকীয় টিস্যু গঠন করে। একে প্লেকটেনকাইমা বলে।