১। শিল্প কারখানা থেকে পচনশীল জৈব যৌগ, ভারী ধাতু, সায়ানাইড, সালফার, লেড, মারকারী, কপার, জিঙ্ক, ক্রোমিয়াম, ক্যাডমিয়াম, ফেনল, আর্সেনিক, নিকেল, অ্যামোনিয়া, ক্লোরিন যৌগ, ফসফেট, নাইট্রেট প্রভৃতি নির্গত হয়। এ সব পচনশীল বস্তু দুর্গন্ধ সৃষ্টি করে। মাটি, পানি ও বায়ু দুষিত করে। অনেক সময় এসিড বৃষ্টি ঘটায়। জৈব প্রযুক্তির মাধ্যমে অণুজীবের সাহায্যে এসব পদার্থকে দুষণ মুক্ত পদার্থে পরিনত করা হয়।
২। শিল্প কারখানা থেকে অপচনশীল রাসায়নিক পদার্থ H2S, SO2, NO2, DDT, কার্বন টেট্রাক্লোরাইড প্রভৃতি নির্গত হয়। এ সব অপচনশীল পদার্থকে জৈব প্রযুক্তির মাধ্যমে নিষ্ক্রিয় করা হয়।
৩। কাগজ শিল্পে কাঁচামালকে বিøচ করতে ক্লোরিন ব্যবহৃত হয়। কাগজ ও মন্ড শিল্প হতে লিগনিন, সেলুলোজ ও ক্লোরিন নির্গত হয়। এনজাইমের সাহায্যে লিগনিন ও ক্লোরিনকে দুষণ মুক্ত করা হয়।
৪। কাগজ ও কাগজের মন্ড থেকে নির্গত বর্জ্যে Torula নামক ঈস্ট জন্মে। এরুপ বর্জ্যে প্রচুর পরিমাণে প্রোটিন থাকে। এ সব বর্জ্য থেকে অ্যামাইনো এসিড তৈরী করা হয়।
৫। ঈস্ট ও কিছু ব্যাকটেরিয়া থেকে Single cell প্রোটিন আহরণ করা হয়। এই প্রোটিন পরিবেশকে দুষণ মুক্ত রাখে।
৬। পাটশিল্প, বস্ত্রশিল্প, তুলাশিল্প ও ইক্ষু শিল্প হতে বিপুল পরিমাণ সেলুলোজ জাতীয় বর্জ্য নির্গত হয়। Cellulomonas ও Alcaligenes ব্যাকটেরিয়া দ্বারা সেলুলোজকে সরল পদার্থে রুপান্তরিত করা হয়। এরুপ বর্জ্য থেকে জৈব এসিড, প্রোটিন, অ্যামাইনো এসিড, ভিটামিন, ইথানল, অ্যাসিটোন, গিøসারিন, গøুটানল প্রভৃতি তৈরী করা হয়।
৭। দুধের কারখানার বর্জ্য থেকে ল্যাক্টিক এসিড তৈরী করা হয়। ফলে পরিবেশ দূষণ মুক্ত থাকে।
৮। ক্লোরিন বর্জ্য মিশ্রিত পানিতে Tremetes versicolor, Pholiota mutabilis, Phlebia subserialis প্রভৃতি প্রজাতি ব্যবহার করে পানিকে ক্লোরিন মুক্ত করা যায়।
৯। জার্মানিতে অ্যালুমিনিয়াম কারখানার বর্জ্য থেকে ফেরিফ্লক তৈরী করা হয়। ফেরিফ্লক দ্বারা দূষিত পানি শোধন করা হয়।