কাজের উপর ভিত্তি করে প্রোটিন দুই প্রকার।
(i) গাঠনিক প্রোটিন (Structural protein)ঃ যে সব প্রোটিন জীবের দেহ গঠন করে তাকে গাঠনিক প্রোটিন বলে। যেমন- কেরাটিন (ত্বক, চুল, শিং, নখ, ক্ষুর, পালক), কোলাজেন (অস্থি, টেনডন, যোজক কলা), স্কে¬রোটিন (পতঙ্গ), সেইন (অস্থি), ফাইব্রিন (সিল্ক, মাকড়সার জাল), কনড্রিন (তরুণাস্থি), স্কে¬রোপ্রোটিন (পতঙ্গের বহিঃকঙ্কাল) প্রভৃতি।
(ii) কার্যকরী প্রোটিন (Functional protein)ঃ যে সব প্রোটিন জীবদেহের বিপাক ক্রিয়া ঘটায় তাকে কার্যকরী প্রোটিন বলে। এদেরকে নিয়ন্ত্রক বা রেগুলেটরী প্রোটিন বলা হয়। যেমন- এনজাইম, হরমোন, ভিটামিন, শ্বাসরঞ্জক প্রভৃতি।