১। টার্গেট DNA নির্বাচন ও পৃথকীকরণঃ জিন ক্লোনিং এর জন্য টার্গেট DNA নির্বাচন করা হয়। নির্বাচিত কোষকে সামান্য লাইসিস করা হয়। লাইসোজাইম (ব্যাকটেরিয়া কোষ), কাইটিনেজ (ছত্রাক কোষ), সেলুলেজ (উদ্ভিদ কোষ) এনজাইম ব্যবহার করে কোষের আবরণী নষ্ট করা হয়। এরপর লাইসিস করা কোষকে সেন্টিফিউজ টেস্টটিউবে ঢুকানো হয়। সেন্টিফিউজ টেস্টটিউবে পরিমাণ মত সিজিয়াম ক্লোরাইড দ্রবণ প্রবেশ করানো হয়। অতঃপর দ্রবণটিকে সেন্টিফিউজ করা হয়। ফলে টেস্ট টিউবের গায়ে DNA–এর একটি ব্যান্ড তৈরী হয়। DNA–এর সাথে অন্যান্য উপাদান মিশে হোমোজিনেট তৈরী হয়। প্রোটিয়েজ (প্রোটিন), রাইবোনিউক্লিয়েজ (RNA), অ্যামাইলেজ (শর্করা), লাইপেজ (ফ্যাট) প্রভৃতি এনজাইম ব্যবহার করে হোমোজিনেট DNA থেকে অন্যান্য উপাদান পৃথক করা হয়। পরে বিশুদ্ধ DNA–কে ঠান্ডা ইথানল দ্রবণে ডুবিয়ে সুতার মতো অধঃক্ষিপ্ত করা হয়। অধঃক্ষিপ্ত DNA থেকে কাংক্ষিত DNA অংশ নির্বাচন করা হয়।
২। বাহক নির্বাচনঃ টার্গেট DNA–এর প্রয়োজনীয় অংশ বহন করার জন্য বাহক নির্বাচন করা হয়। এক্ষেত্রে Agrobacterium tumefaciens নামক ব্যাকটেরিয়া উত্তম বাহক হিসেবে কাজ করে। এই ব্যাকটেরিয়ার সাইটোপ্লাজমে অবস্থিত প্লাজমিড DNA–এর সাথে কাংক্ষিত DNA এর প্রয়োজনীয় অংশ সংযুক্ত করে দেয়া হয়। কোনো কোনো ক্ষেত্রে কসমিড, ফাজমিড, কৃত্রিম ক্রোমোজোম প্রভৃতি বাহক ব্যবহার হয়।
৩। টার্গেট DNA কে নির্দিষ্ট স্থানে কর্তনঃ রেস্ট্রিকশন এনজাইম প্রয়োগ করে টার্গেট DNA হতে অনেকগুলো অংশ কেটে নেয়া হয়। একই এনজাইম ব্যবহার করে বাহক প্লাজমিড DNA হতেও অনুরুপ অংশ কেটে ফেলা হয়। এই প্রক্রিয়াকে Restriction digestion বলা হয়।
৪। রিকম্বিন্যান্ট DNA তৈরীঃ DNA লাইগেজ নামক এনজাইমের সাহায্যে টার্গেট DNA–কে বাহক প্লাজমিড DNA এর সাথে সংযুক্ত করে দেয়া হয়। কাংক্ষিত DNA–কে বাহক প্লাজমিড DNA–এর সাথে সংযুক্তকরণের ফলে রিকম্বিন্যান্ট DNA তৈরী হয়ে যায়।
৫। রিকম্বিন্যান্ট DNA–কে পোষক দেহে প্রবেশ করানোঃ রিকম্বিন্যান্ট DNA –কে বহন করার জন্য পোষক নির্বাচন করা হয়। এ ক্ষেত্রে E. coli ব্যাকটেরিয়া পোষক হিসেবে কাজ করে। পোষক কোষে রিকম্বিন্যান্ট DNA প্রবেশ করিয়ে দেয়া হয়। কিন্তু স্বাভাবিক অবস্থায় ব্যাকটেরিয়া অন্য প্লাজমিড গ্রহণ করে না। ব্যাকটেরিয়া যে কালচার মিডিয়ামে জন্মে সেই আবাদ মাধ্যমে তাপ প্রয়োগ ও ক্যালসিয়াম সমৃদ্ধ করে উপযুক্ত পরিবেশ সৃষ্টি করলে ব্যাকটেরিয়া অন্য প্লাজমিড গ্রহণ করে। ব্যাকটেরিয়ার দেহে রিকম্বিন্যান্ট DNA প্রবেশ করানোর প্রক্রিয়াকে ট্রান্সফরমেশন বলে।
৬। রিকম্বিন্যান্ট DNA এর সংখ্যা বৃদ্ধি বা ক্লোনিংঃ রিকম্বিন্যান্ট DNA পোষক দেহে প্রবেশ করানোর পর পোষক ব্যাকটেরিয়াকে কালচার মিডিয়ামে আবাদ করা হয়। অল্প সময়ের মধ্যে কালচার মিডিয়ামে ব্যাকটেরিয়া সংখ্যা বৃদ্ধি করে হাজার হাজার কপি তৈরী করে। সেই সঙ্গে রিকম্বিন্যান্ট DNAও তৈরী হয়। এভাবে রিকম্বিন্যান্ট DNA এর সংখ্যা বৃদ্ধি করাকে জিন ক্লোনিং বলে।