Polymerase Chain Reaction-কে সংক্ষেপে PCR বলে। PCR হলো দ্রুততম ক্লোনিং কৌশল। DNA ভেক্টর পৃথক করে পোষক কোষে প্রবেশ করানো হলে পোষকের সাথে কাংক্ষিত জিনের বিভাজন ঘটে এবং অসংখ্য কপি তৈরী হয়। ১৯৮৪ সালে আমেরিকান বিজ্ঞানী ক্যারি মুলিস (Kary Mullis) PCR কৌশল আবিষ্কার করেন।
ধাপ-১ঃ প্রথমে DNA-এর কাংক্ষিত টুকরাকে ৯৫ ডিগ্রী সে তাপমাত্রায় উত্তপ্ত করা হয়। এতে DNA-এর সূত্রকদ্বয় পৃথক হয়ে যায়। এর ফলে Primer গুলো নির্ধারিত স্থানে সংযুক্ত হয়। এ ধাপকে Denaturing step বলা হয়।
ধাপ-২ঃ খুব দ্রুত প্রক্রিয়াটির তাপমাত্রা নামিয়ে আনা হয়। Primer গুলো DNA সূত্রকের সাথে যুক্ত হয়। তবে প্রকৃত তাপমাত্রা Primer এর দৈর্ঘ্য এবং সিকুয়েন্স বিবেচনায় কম বেশি হতে পারে। এক একবার বিক্রিয়া ঘটানোকে একটি সাইকল বা চক্র বলা হয়।
ধাপ-৩ঃ এ পর্যায়ে বিক্রিয়াস্থলের তাপমাত্রা ৪৫ ডিগ্রী সে. এ রাখা হয়। (dNTPs)Mg2+ আয়নের উপস্থিতিতে নিউক্লিওটাইডগুলো পরস্পর যুক্ত হয়ে নতুন সম্পুরক DNA সূত্রক তৈরী করে।
ধাপ-৪ঃ উৎপন্ন DNA অণুকে তাপ দিয়ে আবার পৃথক করা হয়। Primer-1 ৫→৩ সূত্রকের সাথে এবং Primer-2 ৩→৫ সূত্রকের সাথে যুক্ত হয়। দ্বিতীয় চক্র শেষে দুটি সূত্রক দুইটি নতুন DNA তৈরী করে। প্রতি চক্রে DNA অণুর সংখ্যা পূর্ববর্তী চক্রের দ্বিগুণ হবে।
একটি যন্ত্রের সাহায্যে DNA তৈরীর বিক্রিয়া একের পর এক চলতে থাকে। এই যন্ত্রটিকে থার্মাল সাইক্লার (Thermal cycler) বলা হয়। প্রতিটি ধাপে সময় লাগে ২-৫ মিনিট। বিক্রিয়াটি ২৫-৩৫ চক্রে সীমাবদ্ধ রাখা হয়। এক অণু DNA ৩৫ চক্র শেষে 235(2n) = 3.5×1010 অণু DNA তৈরী করবে।